Bilbao (1972). Estudia arquitectura en las escuelas de San Sebastián y Lisboa. Acabada la carrera, prueba brevemente la profesión y emprende un viaje que le llevará durante un año a recorrer buena parte de Latinoamérica. A su vuelta decide dedicarse a lo que siempre ha querido hacer: contar historias en viñetas. Tras ganar algunos premios en diversos concursos de cómics empieza a publicar en 2004 Los viajes de Juan Sin Tierra, tetralogía inspirada de alguna manera en sus propios viajes que comprende los siguientes títulos: La pipa de Marcos (Astiberri, 2004), La isla de Nunca Jamás (Astiberri, 2006), Río Loco (Astiberri, 2009) y En la tierra de los Sin Tierra (Astiberri, 2010). Pronto comenzó a traducirse al francés, portugués y finés, y que ha sido objeto de estudio de tesis universitarias en Italia y Reino Unido.

Tras finalizar la saga retoma junto con Luciano Saracino los guiones del cómic colectivo Historias del olvido (Dolmen, dos tomos, 2007 y 2011), escribe La partida del soldado, cuento ilustrado por Leticia Ruifernández (El Jinete Azul, 2011 / La Uña Rota, 2023), ilustra la novela El retrato de Dorian Gray, de Oscar Wilde (Astiberri, 2012), y dibuja Ometepe (Astiberri, 2012), cómic con guión de Saracino y que incluye referencias a la tetralogía Los viajes de Juan Sin Tierra.

Con He visto ballenas (Astiberri, 2014) –editado también en euskera, francés y alemán– es nominado al premio al mejor álbum en los festivales de Barcelona y Angoulême. En 2015 publica para CEAR-Euskadi (Comisión Española de Ayuda al Refugiado de Euskadi) Asӯlum, una nueva novela gráfica que aborda la temática de los refugiados desde distintos puntos de vista, y que, en 2017 coeditan CEAR y Astiberri, La divina comedia de Oscar Wilde –traducido al francés y polaco–, que le ha llevado a Javier de Isusi casi cinco años de trabajo y ha sido galardonada con el Premio Nacional del Cómic 2020 y el de la AACE (Asociación de Autores de Cómic de España).

En diciembre de 2020 publica Transparentes. Historias del exilio colombiano (coeditado por la Comisión de la Verdad de Colombia, Hegoa y Astiberri), obra con la que obtiene el Premio Euskadi de Ilustración. Y en 2021, sale el integral de Los viajes de Juan Sin Tierra, así como el ensayo Descolonizar la aventura. Un recorrido a través de Los viajes de Juan Sin Tierra, con textos de Claudio Maringelli y un apéndice donde Javier de Isusi incluye anécdotas, reflexiones, retratos y acuarelas en color sobre aquellos viajes que también supusieron su comienzo como autor de cómics. También en 2021 se edita El mar recordará nuestros nombres (Planeta), novela gráfica realizada por encargo del Ministerio de Ciencia e Innovación, y el CSIC, que resulta premiada con el Prix des Lycéens en el festival Viñetas de la localidad francesa de Poitiers. Mientras prepara desde 2022 su nueva obra para Astiberri, realiza Todas las mañanas, que coeditan FICE Spain y Astiberri en 2024.